5º Taller de Bioinformática

Metatranscriptómica Ambiental

(Environmental Metatranscriptomics)

8 y 9 de noviembre de 2018

Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, B.C.

Introducción

La secuenciación masiva paralelizada se ha generalizado como una herramienta que nos brinda la posibilidad de realizar estudios ambientales de manera exhaustiva, permitiéndonos descubrir y describir las complejas comunidades que los  microorganismos forman  sin necesidad de cultivarlos. Uno de los análisis que están aumentando en los últimos años son los estudios de los metatranscriptomas que, a diferencia del estudio de metagenomas, nos permite conocer las actividades particulares de una comunidad en un entorno específico.  La metatranscriptómica es el estudio de la actividad del conjunto completo de transcriptos (RNA-seq) de muestras ambientales que nos permite conocer su función en su propio medio.

En este taller nos acercaremos a las principales técnicas y programas de análisis de metatranscriptomas, aprendiendo estrategias de obtención y organización de los datos procedentes de secuenciación masiva, los principios básicos para el análisis de calidad de las secuencias, su ensamblado, clasificación y la cuantificación su expresión génica.

Información

Dirigido a:

Estudiantes de posgrado, investigadores y personas interesadas.

Perfil de los participantes:

Conocimientos básicos en herramientas de bioinformática y de biología molecular. Domino básico del idioma inglés.

Objetivos:

Aprender los fundamentos y el uso de diferentes programas que permiten caracterizar la estructura y función de las comunidades microbianas ambientales.

Sede:

CICESE, Carretera Ensenada-Tijuana No. 3918, Zona Playitas, C.P. 22860, Ensenada, B.C. México. Teléfono: 01(646)175-05-00 ext 27163.

Idioma:

Inglés

Cupo máximo:

20 participantes

Programa general

Read Quality Control
- Metatranscriptome Assembly (with Trinity)
- Assembly evaluation
- Transcript quantification
- Differential expression analysis and visualization

El programa más detallado se encuentra aquí:
https://github.com/bluegenes/2018-metatranscriptomics-workshop-dev/blob/master/docs/index.md

Profesores

Dr. C Titus Brown

Associate Professor
UC Davis Genome Center

http://biosci3.ucdavis.edu/Faculty/Profile/View/14516
http://ivory.idyll.org/lab/

Dra. Tessa Pierce

NSF Postdoctoral Fellow
Lab for Data-Intensive Biology at UC Davis
bluegenes.github.io/about

Taylor Reite

Graduate Student
Lab for Data-Intensive Biology at UC Davis
https://taylorreiter.github.io/aboutme/
https://taylorreiter.github.io/cv/

Inscripción

Costo: $2,000.00 MN estudiantes de posgrado*
$3,000.00 MN resto de participantes*

A partir del 20 de octubre los precios se incrementarán en 500 pesos.

*Precios sin IVA

Contacto

Información general:

Dra. María Asunción Lago Lestón

Laboratorio de Metagenómica
Departamento de Innovación Biomédica
taller-bioinformaticaarrobacicese.mx, alagoarrobacicese.mx

Inscripciones:

Gabriela Altamirano
Yamne Ortega

taller-bioinformaticaarrobacicese.mx

Comité organizador

Dra. María Clara Arteaga

Dr. Carlos Brizuela

Dr. Miguel Angel del Río

Dra. Clara Elizabeth Galindo

Dra. Rufina Hernández

Dra. Fabiola Lafarga

Dra. Asunción Lago

Gracias a los integrantes del
Laboratorio de Metagenómica y al personal del Departamento de Cómputo del Cicese

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