4º Taller de Bioinformática

Análisis de metagenomas y metatranscriptomas ambientales

25 a 29 de septiembre de 2017

Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, B.C.

Introducción

La secuenciación masiva paralelizada se ha generalizado como una herramienta que nos brinda la posibilidad de realizar estudios ambientales  de manera muy exhaustiva, permitiéndonos descubrir y describir las complejas comunidades que los  microorganismos forman, sin necesidad de cultivarlos. La metagenómica no dirigida (metagenómica shotgun) y la metatranscriptómica, es decir, la secuenciación completa del material genético (ADN y ARN) obtenido directamente del medio nos permiten evaluar la diversidad genética y el potencial funcional de estos organismos, eliminando, al mismo tiempo, la necesidad de aislarlos . La gran cantidad de información generada por las plataformas de secuenciación de última generación ha impulsado un sano debate sobre las mejores prácticas para el análisis de datos, al mismo tiempo que incrementa la demanda de nuevas herramientas que ayuden a abordar e interpretar importantes  cuestiones ecológicas.

Con este taller se pretende dar una visión reciente de las técnicas y programas más usados en el análisis de  datos  metagenómicos, aprendiendo estrategias de obtención y organización de los datos procedentes de secuenciación masiva, los principios básicos para el análisis de calidad de las secuencias, métodos de asignación taxonómica y agrupamiento de genes, ensamblado, clasificación y caracterización  funcional, modelos estadísticos para la estimación de la diversidad microbiana y la metodología y métricas que nos permitan comparar las comunidades microbianas.

Información

Dirigido a:

Estudiantes de posgrado, investigadores y personas interesadas.

Perfil de los participantes:

Conocimientos básicos en herramientas de bioinformática y de biología molecular. Domino básico del idioma inglés.

Objetivos:

Aprender los fundamentos y el uso de diferentes programas que permiten caracterizar la estructura y función de las comunidades microbianas ambientales.

Sede:

CICESE, Carretera Ensenada-Tijuana No. 3918, Zona Playitas, C.P. 22860, Ensenada, B.C. México. Teléfono: 01(646)175-05-00 ext 27163.

Idioma:

Inglés

Cupo máximo:

Ya no hay lugares disponibles.
Lista de espera: bioinformatica2017arrobacicese.mx

Programa provisional

Lunes 25:

  • 14:00-16:00 Registro
  • 16-:00 18:00 Eventos patrocinados y sesión de carteles

Martes 26 a viernes 29

(El horario de las clases será de 9:00 a 18:00, con pausas para café y para el almuerzo)

  • Análisis de metagenomas (26 – 27) incluye los siguientes temas:
    • Short read quality and trimming: FastQC and Trimmomatic
    • K-mer Spectral Error Trimming Why (or why not) do k-mer trimming?
    • Assembling your short read data set with MEGAHIT
    • Binning genomes out of your metagenome
    • Quickly searching and comparing your samples with sourmash
    • Annotation with Prokka (installing and running Prokka)
    • Quantifying abundance across samples with Salmon
    • Using and Installing Circos and Visualizing Gene Coverage and Orientation
    • A brief discussion of workflows & repeatability
  • Análisis de transcriptomas bacterianos (28)
    • Considerations for reference vs reference-free transcriptome analysis
    • RNA-seq and Differential Gene Expression in Bacteria
    • Setting up your RNA-seq project
    • Quality control and trimming of reads
    • Align and count gene features
    • Differential gene expression
  • Introducción a QIIME para el análisis de amplicones (29)
    • Execute a QIIME command: Assemble paired-end reads
    • Explore input and output files for QIIME workflows and scripts
    • Understand the structure and components of a good mapping file
    • Define operational taxaonomic units (OTUs)
    • Execute a QIIME workflow, and understand the separate steps in the workflow
    • Align sequences, assign taxonomy, and build a tree with representative sequences from OTU definitions

Profesores

Dr. C Titus Brown

Associate Professor
UC Davis Genome Center

http://biosci3.ucdavis.edu/Faculty/Profile/View/14516
http://ivory.idyll.org/lab/

Dra. Harriet Alexander

Postdoctoral Fellow
UC Davis Genome Center

https://halexand.github.io/about/

Dr. Phillip Brooks

Postdoctoral Research Scientist
Department of Population Health and Reproduction
UC Davis School of Veterinary Medicine

https://brooksph.github.io/

Inscripción

Inscripción

 

Costo: $ 4500 MN*

*Los estudiantes del CICESE podrán disponer de una becas que cubra total o parcialmente la cuota de inscripción.

Becas

Los requisitos para la selección de los becados son:
1. Ser estudiante de posgrado y estar involucrado en proyectos o propuestas de trabajo que incluyan análisis de datos genómicos (comprobar con el CV)

2. Carta de intención donde se expliquen los motivos para participar en el taller (máximo 400 palabras)

3. Resumen del trabajo que se presentará en la sesión de cartel (máximo 300 palabras).

Estos requisitos deben estar en un solo archivo PDF que se anexará al correo que se envíe para la inscripción.

Carteles

Los participantes están invitados a presentar sus trabajos en esta sesión. Los trabajos pueden ser propuestas para desarrollar a corto plazo o resultados de estudios en desarrollo. Todos los estudiantes becados deberán presentar trabajo en esta sesión.
El cartel deberá tener las siguientes dimensiones: 90 cm de ancho x 120 cm de largo. Deberá contener la siguiente información en su cabecera: título del trabajo, autores, subrayando al presentador, su adscripción. El contenido del trabajo será en formato libre.

Contacto

Información general:

Dra. María Asunción Lago Lestón
Departamento de Innovación Biomédica
bioinformatica2017arrobacicese.mx, alagoarrobacicese.mx

Inscripciones:

C.P Gabriela Altamirano Sosa y Silva
bioinformatica2017arrobacicese.mx

Comité organizador:

Dra. María Clara Arteaga
Departamento de Biología de la Conservación
arteagaarrobacicese.mx

Dra. Clara Elizabeth Galindo
Departamento de Biotecnología Marina
cgalindoarrobacicese.mx

Dr. Miguel Angel del Río
Departamento de Acuicultura
mdelrioarrobacicese.mx

Dra. Rufina Hernández
Departamento de Microbiología
ruhernanarrobacicese.mx

Dra. Asunción Lago
Departamento de Innovación Biomédica
alagoarrobacicese.mx

Dr. Carlos Brizuela
Departamento de Ciencias de la Computación        
cbrizuelarrobacicese.mx

Dra. Fabiola Lafarga
Departamento de Acuicultura
flafargaarrobacicese.mx

Dra. Paola Batta Lona
Departamento de Biotecnología Marina
pbattaarrobacicese.mx

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